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氨基酸内部主要通过肽键连接，形成肽链，肽键是氨基酸之间最常见的连接方式，特别是在蛋白质中，一个氨基酸的羧基与另一个氨基酸的氨基通过分子间脱水缩合反应形成肽键，氨基酸之间还可能通过二硫键连接，特别是在某些蛋白质中半胱氨酸之间可以形成二硫键来维持蛋白质的空间结构。
关于氨基酸的折叠，这是一个相当复杂的过程，氨基酸链可以自发折叠成特定的三维结构，这主要是由氨基酸之间的相互作用力决定的，这些相互作用力包括氢键、范德华力和疏水力等，氢键在维持蛋白质二级结构（如α螺旋和β折叠）中起到关键作用，特定的氨基酸残基之间可以形成特定的相互作用（如离子相互作用或芳香相互作用），这对于蛋白质结构的稳定和特定折叠模式的形成也很重要。
蛋白质折叠还受到其他因素的影响，如温度、pH值、离子强度等环境因素都可能影响蛋白质折叠的过程和最终结构，蛋白质折叠还可能受到其他分子的影响，如其他蛋白质或RNA分子可能帮助或引导蛋白质正确折叠。
氨基酸的内部连接和折叠是一个复杂的过程，涉及到多种分子间相互作用和环境因素的影响，这一过程对于维持蛋白质的结构和功能至关重要。